Luego lo detallaré con más precisión en clip-castellano.com.ar, pero básicamente los pasos a seguir son: Instalar las bibliotecas: flex, bison, libc6-dev, libncurses5-dev, libpht-dev con:

apt-get install flex bison libc6-dev libncurses5-dev libpht-dev

Se necesita además el make Compila por ahora con gcc 4.5

sudo apt-get install gcc-4.5

Luego utlizamos update-alternatives:

update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.5 50

Descargamos el Clip desde sourceforge con git:

git clone git://clip-itk.git.sourceforge.net/gitroot/clip-itk/clip-itk clip-itk

Y compilamos:

cd clip-itk
sudo make system

En un Debian/Ubuntu de 64 bits es necesario instalar las bibliotecas de compatibilidad de 32 bits:

sudo apt-get install gcc-multilib libc6-i386